Hakan Fidan, 1968 yılında Ankara'da dünyaya gelmiştir. Fidan, eğitimini Muhabere Okulu ve Kara Kuvvetleri Dil okulunda almıştır. Fidan 1986 yılında mezun olarak astsubaylık göreviyle 2001 yılına kadar 15 yıl boyunca Türk Silahlı Kuvvetlerinde muharebe astsubayı olarak görevde bulundu.
Hakan Fidan, Askerlik kariyerinin ardından akademik kariyerine devam ederek University of Maryland University College'de Yönetim ve Siyaset Bilimi alanından lisans eğitimleri alarak mezun oldu. Daha sonra Fidan, Bilkent Üniversitesinde önce master eğitimini ardından doktora eğitimini tamamladı. Hakan Fidan, yurt dışında akademi çalışmalar sürdürürken Bilkent ve Hacettepe üniversitelerinde akademisyen olarak görev aldı. Akademisyenlik görevlerinin ardından Fidan, Almanya'da bulunan NATO Süratli Reaksiyon Kolordusu Karargahı'nda 2001'den itibaren iki yıl Avustralya-Türkiye Büyükelçiliği'nde kıdemli siyasi ve ekonomik danışmanlık görevinde bulundu.
Daha sonra Fidan 2003 yılında Başbakanlık Türk İşbirliği ve Kalkınma İdaresi Başkanlığı'na (TİKA) getirildi. Buradaki 4 yıllık görevinin ardından Fidan 2007 yılında Başbakanlık müsteşar yardımcılığı görevine bir yıl sonra ise 2008'de Uluslararası Atom Enerjisi Kurumu Yönetim Kurulu üyeliği görevine atandı. Fidan, aynı yıl AHMET Yesevi Üniversitesi mütevelli heyeti üyesi oldu. Buradaki 3 yıllık görev süresinin ardından istifa ederek görevini bıraktı.
Hakan Fidan, 15 Nisan 2010 tarihinde Milli İstihbarat Teşkilatı müsteşar yardımcılığı görevine getirildi. Fidan, göreve geldiği yıl MİT Müsteşarı Emre Taner'in görev süresinin dolmasıyla yerine Hakan Fidan geçerek yeni MİT Müsteşarı olmuştur. Hakan Fidan bu göreviyle Türkiye devletinde, en genç MİT Müsteşarı olarak Türkiye tarihine geçmiştir.
Hakan Fidan, 205 yılında Adalet ve Kalkınma Partisi'nden milletvekili aday adayı olabilmek için mevcut görevinden istifa etmiştir fakat 9 Mart 2015 tarihinde yazılı açıklama ile aday adaylığı başvurusunu geri çekerek eski görevine geri dönmüştür.
