Marcos Javier Acuña, 28 Ekim 1991 tarihinde doğdu. Acuña'nın sporculuk kariyeri memleketinde bulunan Club Don Bosco'da başladı ve başlangıçta sol kanat bek olarak oynadı. Potansiyelini fark eden gözlemciler, onu Buenos Aires'teki çeşitli kulüplerde denemeye davet etti.
13 yaşında Boca Juniors ve San Lorenzo de Almagro'da kısa süreler geçirmesine rağmen, Quilmes, River Plate ve Tigre denemelerinden sonra Ferro Carril Oeste tarafından keşfedildi. Ferro'nun yedek takımında birkaç sezon geçirdikten sonra A takıma yükseldi. 2009 yılında Primera B Nacional'da José María Bianco'nun yönetiminde sol kanat oyuncusu olarak debut yaptı.
18 Temmuz 2014 tarihinde Acuña, Racing Club'a transfer oldu. 27 Temmuz 2014'te, Racing'in 2013–14 Copa Argentina'nın eleme aşamasındaki San Martín de San Juan ile oynadığı maçta ilk kez forma giydi ve aynı zamanda başlıkla attığı golle Racing'e 1-0'lık galibiyeti getirdi. O yıl Racing'in kazandığı 2014 Arjantin Primera División şampiyonluğunda da yer aldı ve 15 maçta 2 gol attı.
12 Haziran 2017'de Racing başkanı Víctor Blanco, Acuña'nın Sporting CP'ye transfer olacağını doğruladı. Sporting CP formasını ilk kez Desportivo Aves'e karşı deplasmanda 2-0'lık galibiyetle giydi. 15 Mayıs 2018'de, Sporting'in ligde üçüncü sırada bitirmesinin ardından, Acuña ve birkaç takım arkadaşı, antrenman sahasında yaklaşık 50 taraftarın saldırısına uğradı ve yaralandı.
14 Eylül 2020 tarihinde Acuña, İspanyol kulübü Sevilla'ya dört yıllık bir sözleşme ile transfer oldu. 7 Kasım 2021'de Acuña, Sevilla'nın Real Betis'i 2-0 yendiği el gran derbi maçında 2021–22 sezonunun ilk lig golünü attı. 13 Şubat 2021'de sözleşmesini 2025 yılına kadar uzattı.
Milli Kariyer: 15 Kasım 2016 tarihinde Acuña, Arjantin milli futbol takımıyla Kolombiya'ya karşı oynanan 2018 Dünya Kupası Elemeleri maçında uluslararası arenada debut yaptı. 2021 Copa América'yı kazanan Arjantin'in kadrosunda yer aldı. Ayrıca Acuña, 2018 Rusya Dünya Kupası ve 2022 Katar Dünya Kupası'nda Arjantin'i temsil etti. Kendisi, yarı finalde Hırvatistan'a karşı cezalı olduğu maç dışında turnuvayı kazanan kadroda yer aldı.