Çetin Doğan, 15 Mayıs 1940'ta doğdu. Askerî hayatına Işıklar Askeri Lisesi ve Kara Harp Okulu'nda başladıktan sonra 1960'ta mezun oldu ve 1961'de Topçu Okulu'nu tamamladı. Kariyeri boyunca çeşitli önemli görevlerde bulundu ve 1987'de tuğgeneral rütbesine terfi etti. Genelkurmay Komuta Kontrol Daire Başkanlığı, 1. Zırhlı Tugay Komutanlığı, Genelkurmay Plan Harekât Daire Başkanlığı gibi görevleri üstlendi. 1999'da orgeneral rütbesine yükselerek Ege Ordusu Komutanlığına atandı ve 2003'te 1. Ordu Komutanı iken emekli oldu.
Çetin Doğan'ın adı, 28 Şubat Süreci'nde Batı Çalışma Grubu başkanı olarak anıldı. Bu süreçte, laiklik aleyhtarı faaliyetlerin arttığı iddialarıyla ilgili belgeler yayımlandı. Emekli orgeneral, bu iddiaları reddederek, söz konusu belgelerin gerçek olmadığını savundu.
Askerlikten sonra Ahmet Necdet Sezer döneminde Ahmet Yesevi Üniversitesi mütevelli heyeti başkanlığına atandı, ancak daha sonra görevden alındı.
Çetin Doğan'ın en çok bilinen konulardan biri Balyoz davasıdır. Taraf gazetesi tarafından 2003 yılında Balyoz Darbe planlarını hazırladığı iddia edildi. Doğan, bu iddiaları reddederek, EMASYA (Emniyet ve Asayiş) planlarının seminerlerde ele alındığını belirtti. Ancak, bu suçlamalar nedeniyle tutuklanarak mahkemeye çıkarıldı ve uzun bir yargılama sürecinden sonra ceza aldı.
Çetin Doğan ayrıca 2011 Türkiye genel seçimlerinde bağımsız milletvekili adayı oldu, ancak seçilemedi.
Çetin Doğan'ın ailesi, Balıkesir'in Susurluk ilçesinden gelmektedir. Eşi Fatma Nilgül Doğan ve kızı Pınar Doğan'ın da bilinen bağlantıları vardır.
